Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist lang und verknüpft mit dem Ablauf der Stadt selbst. Im 16. Jahrhundert erlebte Lyon eine Periode des Calvinismus, wobei zahlreiche Händler und gebildete Persönlichkeiten sich dem neuen Bekenntnis zuwandten. Diese anfängliche Präsenz führte zu einer lebendigen reformierten Gemeinschaft, die jedoch au